Материал обновлен 18.02.2026. Изменения в системе налогообложения в 2026 году, затрагивающие медицинские организации

Статья
Борисов Дмитрий Александрович, кандидат экономических наук, эксперт Федеральной антимонопольной службы России по развитию конкуренции в здравоохранении и образовании

Изменения в упрощенной системе налогообложения в 2025 и 2026 годах. Особенности применения пониженных ставок НДС 5% и 7%

18 Февраля 202699 637 зн.49 A46 000 руб.# 1788 Выделить главное вкл выкл 4925

Обновление материала, перейти к содержанию

18.02.2026. Добавлен ответ Минздрава на вопрос 4 "Обложение НДС услуг по проведению лабораторных исследований при отсутствии в лицензии на работ (услуг) по лабораторной диагностике в 2026 году"

12.02.2026. Добавлены вопрос 4 и раздел 8 "Обложение НДС услуг по проведению лабораторных исследований при отсутствии в лицензии на работ (услуг) по лабораторной диагностике в 2026 году"

24.01.2026. Добавлен вопрос 3 и раздел 7 "Подача медицинской организацией на УСН декларации по НДС в 2026 году"

10.02.2025. Добавлен вопрос 2 и раздел 1.1 "Освобождении от НДС медицинских услуг, оказываемых с 01.01.2025 медицинскими организациями, применяющими УСН"

23.12.2024. Добавлен вопрос 1 и разделы:
5. Влияние основного кода ОКВЭД на освобождение медицинских услуг от НДС
6. Применение ОКПД 2 для освобождения от НДС при реализации медицинских изделий

Вопрос 1. Много лет назад (кажется, в 2012 году) в положение о лицензировании медицинской деятельности было внесено изменение, требующее наличие у руководителя медицинской организации (с основным кодом ОКВЭД из раздела "Деятельность в области здравоохранения", сейчас это коды из раздела 86 классификатора ОКВЭД) высшего медицинского образования и повышения квалификации по профилю "Организация здравоохранения и общественного здоровья".

В нашей организации руководителем является генеральный директор, не имеющий медицинского образования. Поэтому, в то время мы использовали лазейку в законодательстве, сменив основной код ОКВЭД с медицинского на другой - "Предоставление социальных услуг без обеспечения проживания престарелым и инвалидам" (код 88.10 по нынешнему классификатору ОКВЭД). При этом медицинский код ОКВЭД остался в дополнительных кодах. А также по штатному расписанию мы создали внутри организации 2 структурных подразделения, одно из которых было медицинским и уже руководителем этого медицинского подразделения назначили врача, имеющего образование по профилю "Организация здравоохранения и общественного здоровья". Такая структура в нашей организации сохранилась и по сей день. Однако, в связи с изменением налогового законодательства с 2025 года, целесообразно сменить основной код ОКВЭД на медицинский, поскольку медицинские организации освобождаются от уплаты НДС (статья 149 налогового кодекса).

В действующем положении о лицензировании медицинской деятельности (Постановление Правительства РФ N 852) убрали требование о наличии у руководителя медицинской организации высшего медицинского образования и повышения квалификации по профилю "Организация здравоохранения и общественного здоровья". Теперь это вроде бы (я не уверен) является требованием проф.стандарта. Поэтому вопрос: если при имеющейся структуре нашей организации мы сменим основной код ОКВЭД на медицинский, то чем это нам грозит? Это будет являться нарушением лицензионных требований или трудового законодательства? Какие штрафы предусмотрены?

Ответ на вопрос 1 см. в разделе 5.

 

Вопрос 2. Будут ли освобождаться от НДС медицинские услуги, оказываемые с 01.01.2025 медицинскими организациями, применяющими УСН?

Ответ на вопрос 2 см. в разделе 1.1.

 

Вопрос 3. Нужно ли уведомлять налоговую, что у нас только медицинские услуги (в отношении НДС), или они сами это определят?

Ответ на вопрос 3 см. в разделе 7.

 

Вопрос 4. В 2025 году выручка нашей организации превысила 20 млн рублей, поэтому с 01.01.2026 немедицинские услуги мы облагаем НДС 5%.

Просим оказать помощь и пояснить следующее: нужно ли облагать НДС лабораторные исследования (анализы) в ситуации, когда наш центр, не имея лицензии на работы (услуги) по лабораторной диагностике и (или) клинической лабораторной диагностике, заключает договоры с пациентами на проведение лабораторных исследований, взимает плату и производит забор материала, а исследования осуществляет наш партнер, с которым у нас заключен договор и которого есть соответствующая лицензия?

Видели несколько писем ФНС и Минфина (ФНС от 24.03.2022 N СД-4-3/3580@, Минфина от 26.07.2022 N 03-03-06/3/71832, от 20.12.2023 N 03-03-06/1/123463), где говорится, что такие доходы для нашей организации признаются медицинскими, а, значит, плательщиками НДС мы не являемся. Наши коллеги говорят, что нужно такие услуги облагать НДС, так им сказали на семинаре в "Ситилаб", аргументы следующие: нет лицензии на лабораторные услуги, продаем чужие услуги. Помогите разобраться кто прав?

Для получения разъяснений НАМО обратилась в Правительство РФ (исх. N 6-с/26 от 05.02.2026). Далее приводится текст обращения.

Применение льготы по НДС в соответствии с пп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ в отношении медицинских услуг увязывается с наличием лицензии на медицинскую деятельность. Многочисленные письма органов власти в отношении освобождения медицинских анализов от НДС делают упор на наличие в лицензии работ (услуг) по лабораторной диагностике.

В настоящее время все крупные федеральные лаборатории (Инвитро, CMD и др.) заключают договоры с медицинским организациями (пунктами забора биоматериала, которые заключают договоры с пациентами), имеющими медицинскую лицензию, в который указаны работы (услуги) по сестринскому делу и не указаны работы (услуги) по лабораторной диагностике (в связи с отсутствием лабораторной техники и персонала). В связи со снижением порога освобождения доходов от НДС на упрощенной системе налогообложения с 01.01.2026 до 20 млн руб. пункты забора оказываются перед дилеммой, связанной с обложением услуг по проведению медицинских анализов НДС 5%. Применение указанной ставки может повлечь рост цен на лабораторную диагностику для населения в размере 5 — 10%.

Вместе с тем согласно пункта 10 Правил, утв. Приказом Минздрава России от 18.05.2021 N 464н "Об утверждении Правил проведения лабораторных исследований" (далее - приказ N 464н) лабораторные исследования включают преаналитический (долабораторный и лабораторный), аналитический и постаналитический этапы.

Согласно пункта 11 Приложение N 1 к Правилам, утв. приказом N 464н, преаналитический долабораторный (внелабораторный) этап включает:

1) выбор и назначение лабораторного исследования в соответствии с порядками оказания медицинской помощи и с учетом стандартов медицинской помощи;

2) оформление направления на исследование;

3) инструктаж пациента по правилам подготовки к клиническому лабораторному исследованию;

4) взятие (сбор) биоматериала;

5) маркировку и идентификацию биоматериала;

6) хранение и транспортировку биоматериала к месту проведения исследования.

При этом первые два пункта выполняются лечащим врачом, направляющим пациента. Пункты 3 — 6 выполняются пунктом забора биоматериала и требуют наличия:

1) лицензии на медицинскую деятельность, включая работы (услуги) по сестринскому делу;

2) медицинского работника;

3) помещений, соответствующих санитарным правилам;

4) медицинских изделий для забора и хранения биоматериала.

Сбор биоматериала включает не только взятие крови из вены, но и формирование пробирок, маркировку и идентификацию биоматериала.

Таким образом, разница между ценой, оплачиваемой пациентом пункту забора и стоимостью анализов, перечисляемых лаборатории, нельзя рассматривать в качестве дохода от посреднических услуг, подлежащих обложению НДС. Это не что иное, как плата пациента пункту забора за преаналитический долабораторный (внелабораторный) этап лабораторного исследования, поскольку плата исключительно за взятие биоматериала не покрывает расходов на содержание помещения и персонал, необходимые для инструктажа пациента, заключения договора, сбора, маркировки, хранения биоматериала и выдачи результатов исследований.

С аналогичными ситуациями сталкиваются практически все медицинские организации, поскольку наличие собственной лаборатории не целесообразно (как с экономической, так и с точки зрения качества результатов). Однако взаимодействие с крупными специализированными лабораториями для проведения лабораторных исследований, предусмотренных порядками, стандартами и клиническими рекомендациями, влечет обложение указанных услуг НДС в связи отсутствием у медицинских организаций в лицензии работ (услуг) по лабораторной диагностике.

В некоторых случаях, например, для подготовки препарата для гистологического исследования, предусмотренного НПА Минздрава России, необходимо наличие в лицензии работ (услуг) по хирургии, онкологии, дерматовенерологии, косметологии и т. д., которыми лаборатории не располагают. То есть забор биологического материала возможен только в клинике, при этом стоимость исследования, оплачиваемая пациентом клинике, облагается НДС.

ПРОШУ:

1) дать разъяснение по следующим вопросам:

Вопрос 1. Можно ли не уплачивать НДС с дохода по договорам на проведение лабораторных исследований (в сторонней лаборатории), заключаемых с пациентами пунктами забора биоматериала, имеющими медицинскую лицензию, в которой не указаны работы (услуги) по лабораторной диагностике, на том основании, что разница между ценой, оплачиваемой пациентом пункту забора и стоимостью анализов, перечисляемых лаборатории, это оплата пациентом пункту забора части комплексной медицинской услуги по проведению преаналитического долабораторного (внелабораторного) этапа лабораторного исследования, которая покрывает расходы на выполнение лицензионных требований к медицинской деятельности: содержание помещения и персонал, необходимые для инструктажа пациента, заключения договора, сбора, маркировки, хранения биоматериала и выдачи результатов исследований?

Вопрос 2. Можно ли не уплачивать НДС с дохода в обстоятельствах, указанных в вопросе 1, если цена, оплачиваемая пациентом пункту забора без НДС, равна стоимости анализов, выставляемых и перечисляемых лаборатории без НДС?

2) рассмотреть возможность распространения льготы по НДС, предусмотренной п. 1 ст. 145 НК РФ, на организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, для которых объем операций, облагаемых НДС, крайне мал и несоразмерен усилиям по администрированию.

Ответ на вопрос 4 см. в разделе 8.

 

Содержание

1. Изменения в системе налогообложения в 2025 году, затрагивающие медицинские организации

1.1 Освобождении от НДС медицинских услуг, оказываемых с 01.01.2025 медицинскими организациями, применяющими УСН

2. Изменения в упрощенной системе налогообложения в 2025 году

3. В 2025 году налогоплательщики на УСН становятся плательщиками НДС

3.1 Особенности применения пониженных ставок НДС 5% и 7% на УСН

3.2 Внесение изменений в договор в связи с возникновением обязанности по уплате НДС

3.3 Учет "входного" и "ввозного" НДС при применении пониженных ставок 5% и 7%

3.4 Отражение НДС в бухгалтерском учете при УСН в 2025 году

4. Налоговая амнистия для плательщиков налога на УСН при дроблении бизнеса в 2022 - 2024 годах

5. Влияние основного кода ОКВЭД на освобождение медицинских услуг от НДС

6. Применение ОКПД 2 для освобождения от НДС при реализации медицинских изделий

7. Подача медицинской организацией на УСН декларации по НДС в 2026 году

8. Обложение НДС услуг по проведению лабораторных исследований при отсутствии в лицензии на работ (услуг) по лабораторной диагностике в 2026 году

 

Перечень нормативных правовых и судебных актов

1. "Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)" от 05.08.2000 N 117-ФЗ

2. Федеральный закон от 12.07.2024 N 176-ФЗ "О внесении изменений в части первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации, отдельные законодательные акты Российской Федерации и признании утратившими силу отдельных положений законодательных актов Российской Федерации"

3. Постановление Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137 "О формах и правилах заполнения (ведения) документов, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость"

4. Приказ ФНС России от 07.11.2023 N ЕА-7-3/816@ "Об утверждении форм Книги учета доходов и расходов индивидуальных предпринимателей, применяющих систему налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единый сельскохозяйственный налог), Книги учета доходов и расходов организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения, Книги учета доходов индивидуальных предпринимателей, применяющих патентную систему налогообложения, а также порядков их заполнения"

5. Приказ ФНС России от 29.10.2014 N ММВ-7-3/558@ "Об утверждении формы налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость, порядка её заполнения, а также формата представления налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость в электронной форме"

6. Приказ Минфина России от 17.09.2020 N 204н "Об утверждении Федеральных стандартов бухгалтерского учета ФСБУ 6/2020 "Основные средства"

7. Приказ Минфина России от 15.11.2019 N 180н "Об утверждении Федерального стандарта бухгалтерского учета ФСБУ 5/2019 "Запасы"

8. Приказ Минфина России от 06.05.1999 N 33н "Об утверждении Положения по бухгалтерскому учету "Расходы организации" ПБУ 10/99"

9. Письмо ФНС России от 29.07.2024 N БВ-4-7/8573@ "О направлении Обзора правовых позиций, отраженных в судебных актах Конституционного Суда Российской Федерации и Верховного Суда Российской Федерации, принятых во втором квартале 2024 года по вопросам налогообложения"

10. Обзор судебной практики ВС РФ N 1 (2019), утв. Президиумом Верховного Суда РФ 24.04.2019

11. Определение Судебной коллегии по экономическим спорам ВС РФ от 16.04.2019 N 302-КГ18-22744

12. Письмо Минфина России от 28.10.2024 N 03-07-11/104895 "Об освобождении от НДС медицинских услуг, оказываемых с 01.01.2025 медицинскими организациями, применяющими УСН"

 

1. Изменения в системе налогообложения в 2025 году, затрагивающие медицинские организации

В 2025 году будет увеличен налог на прибыль организаций с 20% до 25%. Однако, медицинские организации:

1) на общей системе налогообложения освобождены от уплаты налога на прибыль организаций при соблюдении ряда условий;

2) на упрощенной системе налогообложения не являются плательщиками налога на прибыль организаций.

Таким образом, основные изменения в системе налогообложения в 2025 году, затрагивающие медицинские организации, связаны с УСН.

В 2025 году вступят в силу следующие изменения в УСН:

- изменится порог доходов для перехода на УСН с 112,5 до 337,5 млн руб.;

- увеличится средняя численность сотрудников для применения УСН с 100 до 130 человек;

- изменится порог доходов для применения УСН до 450 млн руб.;

- изменится порог остаточной стоимости основных средств с 150 до 200 млн руб. Его будут индексировать на коэффициент-дефлятор;

- организации и ИП обяжут уплачивать НДС при доходах более 60 млн руб. в год. При этом налогоплательщику предоставят альтернативу. Он сможет выбрать обычные ставки НДС (0%, 10%, 20%) либо пониженные (5% при доходах от 60 млн до 250 млн руб. в год и 7% - от 250 млн до 450 млн руб. в год). В первом случае у организации-налогоплательщика сохранится право на уменьшение НДС, подлежащего к уплате, на сумму НДС, уплаченную в составе покупок, во втором нет. То есть, при применении пониженных ставок 5% и 7% "входной" НДС нельзя принять к вычету. До 2025 года по общему правилу налогоплательщики на УСН не должны платить НДС;

- организации и ИП, применяющие УСН, будут автоматически освобождены от уплаты НДС, если сумма доходов не превысит 60 млн. руб. в год. Для освобождения подавать в инспекцию уведомление не потребуется;

- отменят повышенные ставки 8% - для режима "доходы" и 20% - для режима "доходы минус расходы". Останутся две базовые ставки: 6% и 15%.

Для тех, кто превысил лимиты по доходам в 2024 году, предусмотрены переходные положения по УСН. Они смогут перейти на данный специальный режим с 01.01.2025 при соблюдении новых условий.

Если в 2024 году организация применяла УСН, но утратила право на нее, потому что доходы превысили 265,8 млн. руб. (1), то она может перейти на УСН с 01.01.2025. Ограничение, установленное пунктом 7 статьи 346.13 НК, в этом случае не действует, то есть организации не нужно ждать год, чтобы вернуться на УСН. Вместе с тем, организация можете перейти на УСН с 01.01.2025, если ее доходы за 9 месяцев 2024 года (за минусом некоторых из них) не превысили 337,5 млн. руб. (2). При определении суммы доходов за 2024 год надо учесть доходы, полученные как на УСН, так и на общей системе налогообложения (ОСН, см. часть 11 статьи 8 Федерального закона от 12.07.2024 N 176-ФЗ).

Лимиты доходов и остаточной стоимости основных средств (ОС) для сохранения права на УСН увеличены. Как было отмечено ранее, в 2025 году они составляют 450 млн. руб. и 200 млн. руб. соответственно и будут ежегодно индексироваться (см. подпункт 16 пункта 3 статьи 346.12, пункт 4 статьи 346.13 НК).

 

Доступ ограничен

Доступ предоставляется авторизованным пользователям

См. процедуру заказа и стоимость доступа к материалу

Для авторизации, нажмите в верхнем меню ссылку Войти. Далее следуйте инструкциям

См. подробную инструкцию по авторизации

Продолжая просматривать страницы сайта и (или) нажав "Согласен", Вы даете согласие и подтверждаете, что ознакомлены с политикой обработки персональных данных и текстом согласия на обработку персональных данных.